対応して頂けると個人的になんですが、非常にうれしいです。
気長に待ってます :P

個別ページの＜!–nextpage–＞の扱いに困っていまして、こちらのpluginを利用できないか試してみたんですが、個別ページには対応していないんですね。

ページ自体をつなげると、「rel=”next”の意味が違ってくるから」とかそういう理由からくる物なのでしょうか？
でも、＜!–nextpage–＞だったら別に構わない気がするし・・・

すいません、このプラグインを作った頃 <!–nextpage–> タグの存在を知らなかったので、対応していませんでした。
時間のあるときに対応させてみますね。
気長にお待ちください。

個別ページの＜!–nextpage–＞の扱いに困っていまして、こちらのpluginを利用できないか試してみたんですが、個別ページには対応していないんですね。

ページ自体をつなげると、「rel=”next”の意味が違ってくるから」とかそういう理由からくる物なのでしょうか？
でも、＜!–nextpage–＞だったら別に構わない気がするし・・・

時間があるときにでもレスつけて頂けるとうれしいです。

このプラグインは便利で、ぜひ使ってみたいものだったので助かりました。

そう言っていただけると作者冥利に尽きます。

wp-autopager の設定画面で
 Post Class: section entry
と設定されていませんか？

クラス名が複数指定されている場合は、片方だけでオッケです。
 Post Class: section
に設定してみてください。

でclass名とid名が異なっているせいなのでしょうか？
id名と記事番号の間に「-」も無いですし。

このテーマは本体とCSSが別になっているというちょっと特殊な形式です。
お手数おかけいたします。

お使いのテーマですと、若干設定変更が必要です。
wp-Autopager の設定画面で
　Content ID: main
　Post Class: section
　Navigation Class: navigation
としてください。

次にテーマテンプレートの「メインインデックスのテンプレート」の下記の部分を修正してみてください。
　<?php paging_link('next_label=Older Entries&prev_label=Newer Entries&indent=2') ?>
　　↓
　<div class="navigation"><?php paging_link('next_label=Older Entries&prev_label=Newer Entries&indent=2') ?></div>
これで、上手く動くはず。
試してみてください。