flash表示用には「wp-swfobject」というプラグインで［SWF］タグで表示させるタイプです。

このプラグインとバッティングをおこしてるんですかねぇ。
ちょっと調べてみますが、時間がかかるかもしれません。

ちなみに、videopopの設定画面に「FLV形式のビデオファイルについて」という項目も表示されませんでした。
どこが間違っているのか検討もつきません。
他のサイト様もいろいろ参考に見させて頂いたのですが答えは見つかりませんでした。

あっ、すいません。これは Ver.0.6.9c から表示されなくなりました。
スクリーンショットが古いままですね

wpはバージョン2.5で　videopop_plus-0.7.4を使わせていただきました。
flash表示用には「wp-swfobject」というプラグインで［SWF］タグで表示させるタイプです。

ちなみに、videopopの設定画面に「FLV形式のビデオファイルについて」という項目も表示されませんでした。
どこが間違っているのか検討もつきません。
他のサイト様もいろいろ参考に見させて頂いたのですが答えは見つかりませんでした。

プレーヤのスキンもmediaplayerのままです（言葉が間違っていたらごめんなさい）
をかもと様のページにサンプリングされているようなプレーヤーで本文中にアップしていきたいのですが解決策をご教授ください。
現在、アンインストールはせず、使用を停止している状態です。
よろしくお願いいたします。

「ポップアップ」「LightPop」で表示がおかしい件修正しました。
http://prdownloads.sourceforge.jp/wppluginsj/30930/videopop_plus-0.6.8.zip

修正していないと思って、テストを省いたところが、ことごとくバグを含んでしまっていました。
お恥ずかしい限りです (^^;;

0.6.7にアップグレードいたしました。

「インライン」と「効果なし」は全く問題がありません。

「ポップアップ」では画像リンクテキストは表示される様にはなりましたが、クリックすると小さなウィンドウは開くのですが真っ白なままです。

「LightPop」でもリンクテキストは表示されるようになり、クリックするとLightBoxタイプのウィンドウは開きますが、「press x to close」の文字があるのみで映像は出ません。

ブログ表示では挿入部分に何も表示されません。

あわわ、恥ずかしいミスです。すいません m(_ _)m

修正しましたので、こちらでお試しください。
http://prdownloads.sourceforge.jp/wppluginsj/30918/videopop_plus-0.6.7.zip

[videopop vid=1207316977 vsize=640 vtitle="xxxx" vinline=true][/videopop]

等の記述は挿入されるのですが、ブログ表示では挿入部分に何も表示されません。

ためしにそのソースを見て見ましたが、挿入部分になんらタグが作成されていない状態です。
編集画面で映像の差し替え等をせず、編集画面はそのままの挿入状況でもvideopop+ の設定のみをインラインに変更してもインライン表示はされます。

何度も重ね重ね申し訳ありませんがよろしくおねがいします。

WordPress 2.5.x で、ビジュアルエディタ使用している時に正常に動作しなかったようです。
#普段、ビジュアルエディタを使用していないので気づきませんでした (^^;;

ビジュアルエディタ使用時でも、正常に動作するように修正しましたので、こちらでお試しください。
http://prdownloads.sourceforge.jp/wppluginsj/30909/videopop_plus-0.6.6.zip
# プラグイン画面でのバージョン表記は 0.6.6a になるはずです。

「この投稿: “test” を編集できませんでした。
もう一度お試しください。」

と言う画面が出ます。