WordPress 2.7 から、プラグイン等を導入せずともコメントをスレッド(入れ子)表示できるようになりました。
対応するテーマを使っていれば、管理画面の [設定] – [ディスカッション] で [コメントをＮ階層までのスレッド (入れ子) 形式にする] にチェックを入れてやれば良いのですが、使用しているテーマが対応していないと修正する必要があります。
このテーマの修正が、意外と面倒なので自分用のメモも兼ねて修正方法をエントリしておきます。

comments.php の修正

まずは、テーマの comments.php。
ここでは WordPress 2.6 に付属されていた default テーマを対象に説明します。

コメントループの修正

コメントループの中身を修正しましょう。

	<ol class="commentlist">

	<?php foreach ($comments as $comment) : ?>

		<li <?php echo $oddcomment; ?>id="comment-<?php comment_ID() ?>">
			<?php echo get_avatar( $comment, 32 ); ?>	
			<?php printf(__('<cite>%s</cite> Says:', 'kubrick'), get_comment_author_link()); ?>
			<?php if ($comment->comment_approved == '0') : ?>
			<em><?php _e('Your comment is awaiting moderation.', 'kubrick'); ?></em>
			<?php endif; ?>
			<br />

			<small class="commentmetadata"><a href="#comment-<?php comment_ID() ?>" title=""><?php printf(__('%1$s at %2$s', 'kubrick'), get_comment_date(__('F jS, Y', 'kubrick')), get_comment_time()); ?></a> <?php edit_comment_link(__('edit', 'kubrick'),'&nbsp;&nbsp;',''); ?></small>

			<?php comment_text() ?>

		</li>

	<?php
		/* Changes every other comment to a different class */
		$oddcomment = ( empty( $oddcomment ) ) ? 'class="alt" ' : '';
	?>

	<?php endforeach; /* end for each comment */ ?>

	</ol>

こんな感じにします。

	<ol class="commentlist">
	<?php wp_list_comments();?>
	</ol>

foreach で $comments をループさせて <li> 要素を書き出していた部分（27 〜 48 行目）をゴッソリと削り、代わりにテンプレートタグ <?php wp_list_comments();?> を挿入します。

ただし、これだと default テンプレート互換の (X)HTML コードが書き出されます。
独自の (X)HTML コードに変更したい場合はさらに手を加える必要があります。(後述)

コメント入力欄の変更

続いて、コメント入力フォームの修正。

<h3 id="respond"><?php _e('Leave a Reply', 'kubrick'); ?></h3>

<div id="cancel-comment-reply"> <small><?php cancel_comment_reply_link() ?></small> </div> 

<?php if ( get_option('comment_registration') && !$user_ID ) : ?>
<p><?php printf(__('You must be <a href="%s">logged in</a> to post a comment.', 'kubrick'), get_option('siteurl') . '/wp-login.php?redirect_to=' . urlencode(get_permalink())); ?></p>
<?php else : ?>

<form action="<?php echo get_option('siteurl'); ?>/wp-comments-post.php" method="post" id="commentform">

<?php if ( $user_ID ) : ?>

<p><?php printf(__('Logged in as <a href="%1$s">%2$s</a>.', 'kubrick'), get_option('siteurl') . '/wp-admin/profile.php', $user_identity); ?> <a href="<?php echo get_option('siteurl'); ?>/wp-login.php?action=logout" title="<?php _e('Log out of this account', 'kubrick'); ?>"><?php _e('Log out &raquo;', 'kubrick'); ?></a></p>

<?php else : ?>

<p><input type="text" name="author" id="author" value="<?php echo $comment_author; ?>" size="22" tabindex="1" <?php if ($req) echo "aria-required='true'"; ?> />
<label for="author"><small><?php _e('Name', 'kubrick'); ?> <?php if ($req) _e("(required)", "kubrick"); ?></small></label></p>

<p><input type="text" name="email" id="email" value="<?php echo $comment_author_email; ?>" size="22" tabindex="2" <?php if ($req) echo "aria-required='true'"; ?> />
<label for="email"><small><?php _e('Mail (will not be published)', 'kubrick'); ?> <?php if ($req) _e("(required)", "kubrick"); ?></small></label></p>

<p><input type="text" name="url" id="url" value="<?php echo $comment_author_url; ?>" size="22" tabindex="3" />
<label for="url"><small><?php _e('Website', 'kubrick'); ?></small></label></p>

<?php endif; ?>

<!--<p><small><?php printf(__('<strong>XHTML:</strong> You can use these tags: <code>%s</code>', 'kubrick'), allowed_tags()); ?></small></p>-->

<p><textarea name="comment" id="comment" cols="100%" rows="10" tabindex="4"></textarea></p>

<p><input name="submit" type="submit" id="submit" tabindex="5" value="<?php _e('Submit Comment', 'kubrick'); ?>" />
<input type="hidden" name="comment_post_ID" value="<?php echo $id; ?>" />
</p>
<?php comment_id_fields(); ?> 
<?php do_action('comment_form', $post->ID); ?>

</form>

２つの新しいテンプレートタグを挿入する必要があります。

• 69行目
  <form> タグ開始前にテンプレートタグ <?php cancel_comment_reply_link(); ?> を挿入しておきましょう。
• 101行目
  </form> の前にテンプレートタグ <?php comment_id_fields(); ?> を挿入しておきましょう。

header.php または functions.php の修正

返信用の JavaScript を読み込めるように以下のコードを追加しておきましょう。

<?php
if ( is_singular() ) wp_enqueue_script( 'comment-reply' );
?>

header.php に追加する時は wp_header(); より前に。
functions.php に追加する時は、どこでも良いです。
これで、返信用の JavaScript (wp-includes/js/comment-reply.js) がロードされます。

実は default テーマ互換のテーマを使用している場合は、たったコレだけで修正完了です。
後は css を修正して、スレッド形式になった場合の見た目を調整してやってください。

コメントループ部分が default テンプレートと違う場合

厄介なのが comment.php のコメントループ部分を default テンプレートとは違う形式にしている場合です。

これは wp_list_comments() を呼び出す時に callback オプションを付加してやります。
具体的には、こんな感じ

	<ol class="commentlist">
	<?php wp_list_comments('callback=custom_comments');?>
	</ol>

ただし、これだけではダメで callback オプションが呼び出すコールバック関数を functions.php 等に書いておく必要があります。

default テーマを例に挙げると、コールバック関数は以下のような感じで行けます。

<?php
function custom_comments($comment, $args, $depth) {
	$GLOBALS&#91;'comment'&#93; = $comment;
?>
		<li id="comment-<?php comment_ID() ?>">
			<?php echo get_avatar( $comment, 32 ); ?>	
			<?php printf(__('<cite>%s</cite> Says:', 'kubrick'), get_comment_author_link()); ?>
			<?php if ($comment->comment_approved == '0') : ?>
			<em><?php _e('Your comment is awaiting moderation.', 'kubrick'); ?></em>
			<?php endif; ?>
			<br />

			<small class="commentmetadata">
				<a href="#comment-<?php comment_ID() ?>" title=""><?php printf(__('%1$s at %2$s', 'kubrick'), get_comment_date(__('F jS, Y', 'kubrick')), get_comment_time()); ?></a>
				<?php comment_reply_link(array_merge( $args, array('depth' => $depth, 'reply_text' => '返信', 'before' => ' | ', 'after' => ' | ') ) ); ?>
				<?php edit_comment_link(__('edit', 'kubrick'),'&nbsp;&nbsp;',''); ?>
			</small>

			<?php comment_text() ?>
<?php
}
?>

要は、元々の comments.php の foreach($comments as $comment) でループしていた部分の中身を書いておけばいいのです。
# default テーマであれば 29 〜 46 行目

ここで注意点を3つ

• 3行目
  初期処理として、グローバル変数に引数として受け取った $comment を代入しておきましょう。
• 15行目
  <?php comment_reply_link(); ?> は返信用のリンクを追加するための新しいテンプレートタグです。
  オプションは、配列で渡します。
• li の閉じ要素（</li>）は記述しない。
  wp_list_comments() 関数が </li> を末尾に自動挿入するため、</li> を挿入する必要がありません。
  っていうか挿入してはいけません、余計に閉じてしまいます。
  div でリスティングしている時は wp_list_comments() 関数を呼び出す時に style=div オプションを付与する必要があります。
  もし、div, li 以外(dl とか)でリスティングしている時は、wp_list_comments() 関数を呼び出す時に end-callback オプションを付加して、end-callback 用の関数を書かねばいけません。

でも、実はこのサイトのコメント欄は、まだスレッドに対応していません。
デザインをどうしようかと検討している最中です。