拙作のプラグイン Head Cleaner と、WP Super Cache を同時に有効化している場合、多少問題があります。
Head Cleaner では、JS、CSS のキャッシュを wp-content/cache/head-cleaner フォルダに作成するのですが、WP Super Cache でキャッシュファイルを削除すると、このフォルダも削除されてしまいます。
# これは Twicon、wp-kougabu でも発生する問題です。

で、これに対処するには、今のところ wp-super-cache/wp-cache-phase2.php の 368 行目を以下のように修正するしかありません。

	$protected_directories = array( $cache_path . '.htaccess', $cache_path . 'meta', $cache_path . 'supercache', $cache_path . 'head-cleaner' );

ちなみに、Twicon、wp-kougabu も導入している場合は、以下のように修正すればおっけです。

	$protected_directories = array( $cache_path . '.htaccess', $cache_path . 'meta', $cache_path . 'supercache', $cache_path . 'head-cleaner', $cache_path . 'twicon', $cache_path . 'wp-kougabu' );

この辺 WP Super Cache が、wp-content/cache 内のフォルダ・ファイルを問答無用で削除するという凶悪仕様のため、Head Cleaner (Twicon) 側では対処の使用がありません。
WP Super Cache が、自分が作ったフォルダ以外は削除しないようになるか、せめて $protected_directories を他のプラグインから指定できるようにしてくれれば、対処のしようがあるんですが…