Ubuntu に Wineインストール後、ハマったので自分用にメモ。
ハマった現象は、メニューエディタで Wine で登録したプログラムを修正しようとすると、「アプリケーション」メニューが表示されなくなってしまう。と言うもの。

Ubuntu日本語フォーラムでも話題になっていましたが..
結論から言うと ~/.config/menus/ ディレクトリ内から Wine で登録されたメニュー項目を削除すれば良い。との事。